HEPA過濾器位于工作表面的垂直后側(cè)，容易損壞。過濾器保護有時需要輔助格柵。

由于過濾器位于裝置后面，而不是像垂直流動柜一樣位于頂部，所以水平凈化工作臺占用更多的地面空間。